Empuries, la fin...

En 270, la ville romaine fut détruite par l'invasion des Francs et des Alamans. A l'époque paléo-chrétienne une basilique fut construite dans les anciens bâtiments de l'Agora de Néapolis, avec autour un cimetière, dans lequel on a retrouvé différents sarcophages de pierre. En effet, à ce moment là, les tombes à incinération entourant la ville disparurent au bénéfice de sarcophages à inhumation dans l'église elle même et aux environs immédiats.

L'invasion Wisigothique détruisit encore ce qui restait de la ville, toutefois les Wisigoths occupèrent l'île de Sant Marti.

En 616, il existait encore un siège épiscopal sur l'île de Sant Marti mais en 711 le royaume Wisigothique qui persistait à Tolède s'effondra à la suite de l'invasion arabe.

La réaction toutefois ne fut pas longue puisqu'en 752 Pépin Le Bref reconquit la septimanie, il fut alors créé le Comté d'Ampurias qui était une marche utile de l'empire, frontière avec les domaines arabes. Par sécurité et du fait de l'abandon et de l'ensablement progressif de la ville le Comté fut déplacé à l'intérieur des terres et c'est alors que fut créée la ville moyen-âgeuse de Castello d'Ampurias.

Par contre, au 17e et 18e siècle, les populations se déplacèrent plus au sud en créant des villages de pêcheurs au niveau de la Escala site plus facile à défendre car plus rocheux et plus élevé avec un port naturel plus protégé.

Des moines, établis sur le site antique, fondèrent le couvent de Sainte Marie de Grâce, au-dessus de la Néapolis, là où se trouve actuellement le musée monographique.

Ainsi après 1 200 ans d'histoire, la cité d'Ampurias fut définitivement oubliée et recouverte par les sables de la plage; ce qui permit à ce site merveilleux d'être protégé et de nous parvenir pratiquement intact.